京都大学総合博物館に所蔵されている以下の資料が、京都大学貴重資料デジタルアーカイブシステム（京都大学図書館機構）にて公開されています。リンクをクリックすると、京都大学貴重資料デジタルアーカイブシステムのページへ移動します。二次利用やお問い合わせについてはこちらを参照してください。
| 公開資料名 | 数量 | 分野 | 公開年度 |
| ケーラー薬用植物掛図 | 60 | 植物 | 2007 |
| 麦角中毒図 | 1 | 植物 | 2007 |
| ハバード周期律表 | 1 | 技術史 | 2007 |
| 松永貞徳書状 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 徳川秀忠書状 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 近衛信尹書状 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 瑞渓周鳳像 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 広輿考 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 琉球国王目録 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 小笠原満長像 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 豊臣秀吉書状 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 万国人類図 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 春屋妙葩像 | 1 | 日本史 | 2018 |
| 淡輪文書 | 53 | 日本史 | 2019 |
| 壺切御剣図・錺釼図 | 1 | 日本史 | 2020 |
| 蝦夷嶋地図 | 1 | 日本史 | 2020 |
| 駿河伊達文書 | 56 | 日本史 | 2022 |
| 肖像画コレクション | 111 | 日本史 | 2022 |
| 教王護国寺文書 | 311 | 日本史 | 2023 |
| 斑島文書 | 14 | 日本史 | 2023 |
HOMEのバナー背景は、ケーラー薬用植物掛図（京都大学総合博物館所蔵）「Cinnamomum Camphora (クスノキ)」より